É essencial para a metabolização de nutrientes. Uma microbiota desequilibrada pode gerar baixos níveis de vitaminas do complexo B. Está envolvida no metabolismo de minerais como: Cálcio, Ferro, Magnésio, Selênio, Cobre e Zinco. A microbiota produz ácido graxo de cadeia curta que contribuem para o aumento da metabolização de ácido graxo na absorção de cálcio no intestino. Também tem extensa capacidade de metabolizar fitoquímicos, principalmente os polifenóis, aqueles compostos químicos que neutralizam e desestabilizam substâncias nocivas no organismo, conhecidas como radicais livres. Atuam no fortalecimento do sistema imunológico através do controle da proliferação das bactérias patogênicas,90% de toda a serotonina do corpo, neurotransmissor responsável pelo humor, é produzida no intestino e a microbiota desequilibrada pode interferir prejudicando essa via.