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构建γ-globin表达调控报告细胞系 - Coggle Diagram
构建γ-globin表达调控报告细胞系
质粒构建
设计gRNA
构建gRNA(SaCas9)表达质粒
检测gRNA切割效率
设计Donor序列
Donor序列构建到可通读的质粒上
转染293T
检测Donor序列是否正常工作(GFP阳性细胞数,SEAP表达)
Donor序列构建到Donor质粒上(PSK)
CRISPR activator质粒构建
检测BU,HU, Hemin对γ-globin的激活效率。
目标基因型单克隆进一步基因型鉴定
Sanger-seq
ddPCR
CRISPR脱靶检测
方法学建立
方案一:SaCas9质粒,Donor质粒转染293T。
PCR跨同源臂鉴定混合克隆基因型
方案二:席师兄之前的策略建立
PCR跨同源臂鉴定混合克隆基因型
构建报告细胞系
方案一: 电转SaCas9质粒,Donor质粒
按GFP阳性分单克隆(检测GFP阳性比例)
单克隆基因型鉴定
PCR跨同源臂鉴定混合克隆基因型
检测SEAP表达量
加HU诱导HBG2表达4天后(检测GFP阳性比例)
按GFP阳性分单克隆
单克隆基因型鉴定
PCR跨同源臂鉴定混合克隆基因型
检测SEAP表达量
方案二:采用席师兄之前的策略
按mcherry阳性分单克隆
单克隆基因型鉴定
检测SEAP表达量
PCR跨同源臂鉴定混合克隆基因型
目标基因型单克隆分子表型表征
加HU,BU, Hemin等检测培养
检测报告基因表达量
检测HBG2表达量 (SEAP的表达量和HBG2的表达量成正相关)
证明报告细胞系时候高通量筛选使用,并结合我之前的研究
做实验前 要找 昊堃师兄 陈老师帮我过一遍细节