En este sector la auditoría se emplea en función de la figura jurídica, atribuciones, ámbito de operación, nivel de autoridad, relación de coordinación, sistema de trabajo y líneas generales de estrategia. Con base en estos criterios, el ámbito de aplicación se centra en las instituciones representativas de los poderes ejecutivo, legislativo y judicial.(Borrero, 2016)
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Dependencias del Ejecutivo Federal (Secretarías o Ministerios de Estado).
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Gobiernos de los estados (entidades federativas o departamentos).
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Comisiones, coordinaciones o consejos intersecretariales.
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Comisiones y/o grupos especiales de estudio.
Consejo de la Judicatura Federal.
Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación.
Suprema Corte de Justicia de la Nación.
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Efecto: El resultado de aplicar la auditoría gubernamental en el sector público es mejorar la actuación de los órganos y mecanismos que lo integran considerando sus acciones particulares y la interacción proveniente de la naturaleza de sus funciones, a partir de la idea de que el Poder legislativo determina el orden jurídico, el Poder ejecutivo lo implementa y el Poder judicial vigila su cumplimiento.