Quando ingerido, o glúten (proteína) precisa ser quebrado, pelo sistema digestório, até a sua menor porção: os aminoácidos, para que então possa ser absorvido. Assim, afirma-se que o processo de digestão do glúten é o mesmo de outras proteínas, ao qual se inicia no estômago e prossegue para o intestino delgado, onde é absorvido e enviado para a corrente sanguínea, por fim, chegando às células. Contudo, observa-se que o glúten se difere das demais proteínas, por ser mais complexa, fator que contribui para a sua não digestão completa, o que não é problema para pessoas saudáveis, pois essas eliminam a parte não digerida do glúten. Paralelamente, as pessoas com doença celíaca sofrem uma reação autoimune exagerada na presença do glúten.
