Please enable JavaScript.

Coggle requires JavaScript to display documents.

Isolasi DNA, Lisis, Precipitate, external-content.duckduckgo.com, Jepretan…

- - - - Purifikasi
        
        DNA dibilas dengan alkohol 70% untuk memurnikan DNA dari alkohol absolut dan enzim RNAse
        
        Pemurnian dari alkohol absolut diperlukan karena senyawa polifenol dapat menghambat reaksi yang melibatkan Taq polimerase saat amplifikasi, mengurangi kemurnian DNA dan mengurangi hasil ekstraksi.
        
        Enzim RNAse juga diperlukan untuk memastikan tidak ada lagi kontaminan RNA yang terbawa.
        
        TAHAP PENYIMPANAN DNA
        DNA yang sudah dipurifikasi, dapat disimpan pada air deion atau TE Buffer pada suhu -20 sampai -80 derajat celcius. Penyimpanan ini bertujuan agar sampel DNA yang telah diekstraksi dapat lebih stabil dan tahan lama karena disimpan dalam kondisi terpresipitasi.
      - Presipitasi
        
        Presipitasi Protein
        
        Bertujuan untuk menghilangkan protein yang terikat DNA
        
        Menggunakan Phenol, isoamylalcohol, chlorofoam atau Natrium asetat.
        
        Fenol menyebabkan protein kehilangan kelarutannya sehingga akan menyebabkan protein mengalami presipitasi, yang selanjutnya dapat dipisahkan dari DNA dengan teknik sentrifugasi. (terbentuk 3 fase --> Fase organik yang mengandung lipid pada bagian paling bawah, fase air yang mengandung DNA dan RNA pada bagian paling atas, dan protein pada bagian interfase.
        
        Presipitasi DNA
        
        Bertujuan untuk menghilangkan kontaminan biomolekul lainnya seperti polisakarida, lipid, RNA, dan metabolit sekunder lain, dengan cara mengurangi kelarutan DNA dalam air.
        
        Diilakukan dengan menggunakan alkohol absolut atau isopropanol.
      - Lisis
        
        Enzimatis
        
        Dilakukan dengan menggunakan enzim yang akan menyebabkan lysis protein seluler, contoh proteinase K
        
        Kimiawi
        
        Dilakukan dengan menggunakan senyawa yang akan menyebabkan dinding / membran sel lisis, contoh SDS / CTAB
        
        Mekanik
        
        Dilakukan dengan menggunakan mortir atau stamper, serta penambahan nitrogen cair
  - - - Pada panjang gelombang 260nm double standed DNA mempunyai konsentrasi 50 ng/mikroliter
        
        Pada panjang gelombang gelombang 260nm single stranded DNA mempunyai konsentrasi 20-33 ng/mikroliter
        
        JENIS ALAT SPEKTROFOTOMETER:
        a. UV Base
        b. Fluorescent Base
        
        RUMUS:
        :red_flag:NIlai Panjang Gelombang (260nm) x 50 ng/mikroliter x faktor dilusi = konsentrasi DNA
        :pencil2:Faktor dilusi adalah seberapa banyak pengenceran DNA saat dilakukan pengukuran menggunakan alat spektrofotometri.
      - Tahap analisis DNA
        
        :check: Bilas biodrop dengan nuclease free water (2x)
        :check: Blanko dengan buffer PE 1 mikroliter
        :check: Diambil DNA isolat 1mikroliter dari pendingin 20 derajat celcius dan diteteskan ke biodrop
        :check: Dibaca absorbansi pada panjang gelombang 260-280 nanometer
        :check: Setiap pergantian sampel, biodrop dicuci dengan nuclease free water
        
        https://www.youtube.com/watch?v=iVanGAJYDuI
    - - MENGGUNAKAN SPEKTROFOTOMETER Dilakukan dengan cara membandingkan absorbansi pada panjang gelombang 260nm dan 280nm
        
        DNA dikatakan memiliki kemurnian yang baik bila absorbansi yang didapat adalah 1,8-2
        :no_entry:A260/A280 1,8-2,0 = Kualitas DNA baik, tergolong murni
        :no_entry: A260/A280 <1,8 = DNA terkontaminasi oleh protein
        :no_entry: <1,8 = DNA terkontaminasi pelarut organik (etanol, kloroform)
        :no_entry:A320 = kekeruhan (turbidity) pada sampel, yang dapat mengganggu pembacaan absorbansi DNA
        
        DNA Purity (A260/A280) = (A260-A320) : (A280 -A320)
        (Nilai diluar rentang tersebut, menunjukkan masih terdapat komponen kontaminasi protein maupun senyawa lain)
        
        :heavy_plus_sign: Keuntungan:
        Tidak memerlukan bahan kimia apapun
        :heavy_minus_sign: Kekurangan:
        Memungkinkan terjadinya kesalahan perhitungan pada kualitas dan kemurnian
        
        :star: KEUNTUNGAN : Tidak memerlukan bahan kimia apapun
        :heavy_minus_sign: KEKURANGAN: Memungkinkan terjadinya kesalahan perhitungan pada kualitas dan kemurnian.
      - ANALISIS KUALITATIF DNA MENGGUNAKAN VISUALISASI ELEKTROFORESIS DNA
        
        :airplane:
        
        DNA yang berkualitas baik akan terlihat sebagai gambar pita DNA tunggal, dan tidak terbentuk smears DNA yang berkualitas buruk dapat ditandai dengan adanya gambaran smears (menandakan DNA telah terdegradasi atau terkontaminasi RNA)
    - - Penambahan CTAB untuk menghilangkan polisakarida
      - Jumlah EDTA harus sesuai agar dapat menghilangkan kontanminasi RNA
      - Saat penggerusan harus ditambahkan liquid Nitrogen
      - Tris-HCl untuk mempertahankan pH
      - Polyvinyl pyrolidone (PVP) untuk mencegahan peningkatan tannin dengan DNA dan melindungi DNA
      - β-merkaptoetanol sebagai antioksidan yang mencegah oksidasi senyawa polifenol dan menghilangkan polifenol
- - - - Sel DNA tanaman
      - Sel DNA manusia
      - Sel DNA hewan
- - - - Menimbang bahan secara tepat
    - - Sebagai tempat memanaskan bahan diatas air mendidih
    - - Memutar tube untuk dapat memisahkan bahan
    - - Untuk dapat melakukan analisa spektrofotometri sampel
    - - Memutar tube untuk mencampurkan bahan
    - - Untuk dapat melakukan elektroforesis (memindahkan DNA) dari kutub negatif (katoda) ke kutub positif (anoda)
    - - Untuk memipet (mengambil) jumlah larutan secara tepat
    - - Sebagai tempat untuk dapat menyimpan sampel DNA