La temperatura delle acque dei laghi dipende dalle condizioni climatiche locali, dalla latitudine, dalla temperatura delle acque degli immissari o da particolari condizioni geologiche. Le aree circostanti un grande lago risentono dell’azione mitigatrice del clima svolta dalle masse d’acqua.
La salinità dei laghi dipende dall’evaporazione, dal contenuto di sali degli immissari e dall’isolamento dei laghi stessi. La salinità è generalmente molto bassa, ma può raggiungere valori molto elevati nei laghi chiusi: nel Mar Morto, per esempio, è del 275‰.