En ese caso, el ovoquiste se abre en el duodeno del hombre o del animal y libera los esporozoítos que pasan a través de la pared intestinal, circulan en el organismo e invaden algunas células, en particular macrófagos, en donde forman trofozoítos, se multiplican, eclosionan y propagan la infección a ganglios linfáticos y otros órganos.
Más adelante penetran en células nerviosas, particu larmente del cerebro y los ojos, en donde se multiplican con ritmo lento (en la forma de bradizoítos) para formar quistes tisulares latentes y así comienzan la fase crónica de la enfermedad.