Nos 20% restantes porém, o testículo está localizado muito profundamente, não existe (agenesia) ou encontra-se muito pequeno e atrofiado. Nestes casos, a única forma de diagnóstico é através da cirurgia exploradora, pois exames de imagem, tais como a US, só conseguem detectar a localização dos testículos criptorquídicos em metade dos casos.