Alfaro ocupó la presidencia ecuatoriana desde el 17 de enero de 1897 hasta el 31 de agosto de 1901, período conocido como «el primer alfarismo», en la cual se priorizó la construcción del Ferrocarril Andino que debía servir de enlace entre las ciudades de Guayaquil y Quito, el progresivo aislamiento de la Iglesia católica con respecto al poder. Durante este período, los liberales hicieron frente a la Restauración Católica.
Tras los resultados de las elecciones de 1901, al «primer alfarismo» le sucedió el gobierno de Leónidas Plaza Gutiérrez de Caviedes, quien sobresalía como figura del Gran Partido Liberal y que estuvo en el bando alfarista desde antes de la revolución; sin embargo, paulatinamente se distanció de Alfaro, apartándolo de los más altos cargos políticos. Plaza generó nuevas alianzas ideológicas, aunque no suspendió la política liberal implementada por el alfarismo. Al final de su período de gobierno, en 1905, Plaza apoyó la candidatura de Lizardo García, otro rival de la facción alfarista. García ganó las elecciones de 1905, sin embargo, su período de gobierno duró solo un año, al perpetrarse un golpe de Estado en su contra.