Com o tempo, o centro respiratório desses pacientes está hipossensível ao CO2 e hipersensível à hipoxemia. Esses pacientes começam a reter CO2 de forma lenta e progressiva (acidose respiratória), sendo que o rim compensa retendo HCO3- (alcalose metabólica compensatória), aumentando o base excess na gasometria. Assim, esses pacientes tem uma PCO2 alta, mas um pH não muito baixo (7,32 a 7,37).