A microbiota intestinal demonstrou afetar a saúde pulmonar por meio de uma interligação vital com os pulmões, conhecida como eixo intestino-pulmão. Esse eixo deve ser bidirecional, o que significa que as endotoxinas, metabólitos, microbianos, podem impactar o pulmonar através do sangue e, quando ocorre inflamação no pulmão, pode afetar a microbiota intestinal também. Isso levanta uma possibilidade interessante de que o novo SARS-Cov-2 também possa ter um impacto na microbiota do intestino. As infecções respiratórias estão associadas a uma alteração na composição da microbiota intestinal intestinal. Uma das manifestações clínicas graves de COVID-19 é a pneumonia e a progressão para SARS, especialmente em pacientes idosos com imunocomprometimento.