La teoría del caso es aplicable en las tres etapas del proceso penal, en la etapa de investigación la defensa conoce la carpeta de investigación y en base a ella planea la estrategia de defensa o teoría del caso, verifica los datos de prueba en general con que cuenta la fiscalía, realiza una entrevista previa y en privado con el imputado para conocer su versión sobre los hechos, y si lo considera pertinente propone una solución alterna o la terminación anticipada del proceso, en la etapa intermedia se analiza la exclusión o nulidad de las pruebas ilícitas, y en la fase de juicio oral establece los argumentos de defensa en los alegatos de apertura, define las pruebas a desahogar en el juicio y orden de las mismas, y formula el interrogatorio y contrainterrogatorio que se formulará a los testigos y peritos, identifica las versiones de la contraparte que resultan mas dañinas y planifica y concreta mediante la estrategia de defensa o teoría del caso en el alegato de clausura.