En 1986, el ENR instalo en la presidencia de Uganda a Yoweri Museveni, quien apoyo una invasión de FPR a Runda en 1990. Esta invasión, atreves del norte, genero el desplazamiento de muchos hutus y, por lo tanto, agudizo las tensiones étnicas hutus y tutsis.
Los acuerdos de Arusha de 1993 trataron de neutralizar las tensiones internas de Runda y la amenaza del FPR. Sin embargo, el asesinato en ese año del presidente burundés, Melchior Ndadaye, desencadeno una guerra civil en Burundi entre hutus y tutsis. Mientras tanto, en Runda, altas figuras del gobierno y las milicias hutus conocidas como interahamwe comenzaron a planear un genocidio para exterminar a los tutsis.
