La organización de un fondo no termina en la clasificación, sino que se complementa con la disposición de los distintos elementos. Es una tarea consistente en relacionar unos elementos con otros de acuerdo con un criterio establecido de antemano, bien sea la fecha, las letras del alfabeto, los números... La ordenación se aplica sobre diversos elementos o en diferentes niveles: los documentos, loes expedientes ,las series, etc...
Las secciones y las series dentro de las secciones, se ordenan teniendo encuentra su jerarquía, siguiendo un orden cronológico, por un orden lógico o por otros criterios
Los expedientes, dentro de las series, y los documentos, dentro de los expedientes, se ordenan siguiendo la lógica de su tramitación.