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Chapitre VI : Le contrôle transcriptionnel de l'expression des gènes -…

- - - - La boite TATA est retrouvé en amont du site +1 dans des gène très transcrit ( 25%). Aussi, si on modifie une seule base, le gène est nettement moins transcrit et si l'on diminue la longueur de la boite ( normalement 26 à 31 pb), la transcription débutera en aval de 25 pb du site +1. Par conséquent, la boite permet le bon positionnement de la polymérase.
    - - D'autres gène qui ne possède pas de boite TATA, peuvent possède un séquence de 6 nucléotide centré sur le site +1 de transcription.
        N.B : d'autre séquence tel que les BRE ( en amont du +1 ) ou DPE ( en aval du +1 ) permet d'influencer la puissance des promoteurs.
    - - Les îlots CpG sont des zones de 100 à 1000 pb ou l'on retrouve une fréquence de cette séquence en bien plus grand nombre qu'attendue ( 6 à 10% au lieu de 6,25%). Elle permet un début de transcription sur des site multiple tout le long de des îlots. Il est a noté que les séquence CpG si il ne sont pas des promoteurs sont méthylé par conséquent, leurs désamination forme des thymines et donc la plus part de ceux -ci se convertissent en TpG. Tandis que pour les séquence CpG dans les promoteurs, ceux-ci ne sont pas méthylé et leurs désamination les transforme en Uracile qui est détecté et re-remplacé par une cytosine. Aussi, ces séquences sont difficilement enroulable par les nucléosome par conséquent, ces séquence sont des régions d'ADN libre. Enfin, le début de l'allongement peut-être bidirectionnel mais s'avorte rapidement.
- - - - Ces protéine foonctionne toujours en dimère identique, par conséquent, la séquence identifier est une séquence répété. Le motif C4 est composé de 4 cystéine chaque une fonctionnant par pair. Par conséquent, un motif équivaut à deux doigt et un zinc à chaque doigt. (facteur nucléaire chez l'homme)
    - - Le doigt de zinc est un motif protéique de 23 à 26 AA, ou l'on retrouve une hélice alpha reconnaissant un séquence spécifique et un zinc chélater via deux histidine et deux cystéines. Ce motif est particulièrement retrouvé chez les animaux pluricellulaires et n'est pas forcément que retrouvé au niveau du noyaux. Une protéine peut posséder plusieurs doigt de zinc pour obtenir une spécificité plus particulière à un gène donné.
    - - Ce type de facteur de transcription forme des homo ou hétéro-dimère, par conséquent, il permettent de reconnaître une grande variété de séquence donné. Il consiste en deux hélice alpha possédant chaque une tout les 7 AA une leucine (hydrophobe). Cette particularité va permette la torsade des deux hélices entre elle et en même temps l’interaction de l'ADN avec les AA positif. Le tout formant une espèce de pince.
    - - Ces facteurs de transcription sont très important lors du développement embryonnaire. il font 60 AA, sont composé de trois hélices, l'une interagissant avec le grand sillon et deux autres soutenant cette interaction. Le motif formé est dénommé "homebox" et est retrouvé chez les eucaryote eumétazoaire.
    - - Similaire au leucine zipper mais pas de leucine, autres AA hydrophobe. Cette famille forme des hétérodimères
    - - Ces domaines sont généralement trouvé chez les bactérie et en temps que répresseur. Il sont présent au sein des grand sillon de l'ADN et se lie à un dimère composé de deux sous-unité identique, c'est à dire un homo-dimère.
    - - Même principe que les bZip mais possède une hélice non-hélicoïdale qui sépare le motif hydrophobe du motif chargé positivement.
  - - - Le but est d’identifier la protéine qui peut se lier aux éléments de contrôle :
        
        on introduit du phosphore 32 dans le milieu
        
        on introduit dans l'un des échantillons la protéine suspect et pas dans l'autre.
        
        on introduit une DNase qui ne va savoir cliver que si l'ADN n'est pas attaché à la protéine, autrement dit elle vas coupé dans l'ensemble du gène sauf au niveau du facteur de transcription si c'est lié.
        
        on sépare sur un gel et on observe via un film autoradiographique ( voir image page 73)
    - - Le but est identique à l'empreinte, et l'expérience se base sur la différence de vitesse de migration entre la séquence avec et sans protéine attaché :
        
        on isole la séquence donnée
        
        on fait différent colonne avec une concentration croissance en protéine sensé se lié à la séquence
        
        si on observe un déplacement de la bande alors la protéine c'est lié.