FASE 1 (sem imunidade celular): Ao chegar pela 1ª vez nos alvéolos, o bacilo de Koch é fagocitado por macrófagos locais, e ocorre uma intensa reação inflamatória local. Esses fagócitos são incapazes de destruir ou inativar os bacilos, que então se multiplicam em seu interior. Os bacilos proliferam-se e destroem os macrófagos, caindo nos espaços alveolares. Estes são novamente fagocitados, formando um ciclo vicioso e atingem linfonodos, onde continuam se proliferando, até atingirem a corrente sanguínea.
FASE 2 (imunidade celular específica): Após três a oito semanas, a imunidade celular já está desenvolvida e o organismo começa a reagir contra os bacilos, combatendo a disseminação hematogênica. Assim, os linfócitos T-helper específicos são capazes de se proliferar e ativar os macrófagos. A junção dos linfócitos e os macrófagos ativados (células epitelioides) ao redor do processo, resultam no granuloma caseoso. A fusão de vários macrófagos lesados pode formar as células gigantes de Langhans. Este foco granulomatoso pulmonar inicial é chamado foco primário ou nódulo de Ghon.