Sindrom klinis dari infeksi toksoplasmosis serebri pada AIDS beragam misalnya seperti ensefalitis, meningoensefalitis, lesi massa intrakranial. Ensefalitis terjadi pada 80% kasus. Gejala klinis toksoplasmosis serebri dibagi atas gejala fokal neurologi, gangguan otak global, gangguan neuropsikiatri dan gejala umum lainnya seperti panas badan (35%) yang hilang timbul atau terus menerus, sakit kepala memberat (hampir pada 50% kasus), singulus (hiccups). Tanda-tanda iritasi selaput otak (5%), tekanan intrakranial meningkat (papil edema). Defisit fokal neurologis akibat lesi massa intrakranial (70%) seperti hemiparesis, hemiplegia, disfasia, afasia, disartria, gangguan visual, paresis nervus kranialis, ataksia, dismetri, gerakan involunter (distonia, chorea, atetosis dan hemibalismus, parkinson). Gangguan otak global seperti bangkitan kejang (38%), kesadaran menurun (40%), gangguan mood dan memori dan gangguan kognitif global (menyerupai demensia AIDS). Gangguan psikiatri seperti demensia, ansietas, psikosis, gangguan kepribadian. Defisit fokal neurologis dapat terjadi secara perlahan atau mendadak menyerupai stroke. Selain gangguan neurologis, juga perlu diketahui adanya tanda diluar neurologis misalnya, limfadenopati, hepatosplenomegali