Ataque al poder político y económico de la Iglesia Católica: Antes de 1871, la economía guatemalteca se había basado en cultivos o actividades que no exigían mucha mano de obra, como el del nopal nutriente de la cochinilla. Pero al ser desplazada la grana de los mercados internacionales por los tintes químicos artificiales, el nuevo cultivo que se desarrolló -el café- exigió para su producción de muchos obreros. Por otra parte, el clero regular, que era un poderoso terrateniente y factor político durante el gobierno conservador, nuevamente fue despojado de sus bienes, incluyendo no solamente sus conventos, sino que también sus haciendas, ingenios azucareros y doctrinas.
Los jesuitas fueron expulsados el 3 de septiembre de 1871 después de que les dieron veinticuatro horas para salir del país; setenta y dos de ellos se embarcaron en Puerto San José para Corinto, en Nicaragua.