La microfiltrazione è un processo al quale può essere sottoposto solo il latte già scremato è più efficacie della filtrazione, in quanto i sottilissimi filtri eliminano i germi dal latte. A seguito di questo trattamento il latte viene reintegrato con la panna e sottoposto al risanamento. In quanto caratterizzato da maggiore purezza, il latte pastorizzato microfiltrato dura più a lungo di quello fresco pastorizzato.