Nació en Eaglesfield, en el noroeste de Inglaterra, condado de Cumberland. Nació el 5 o 6 de septiembre de 1766. Sus padres fueron Joseph y Deborah Dalton, y John ya tenía dos hermanos mayores: Jonathan y Mary. Su educación comenzó en la pequeña escuela de Pardshaw Hall.John Fletcher profesor de la escuela y bajo su tutela, Dalton se rindió ante la ciencia, y leía casi cualquier libro que el entusiasta Fletcher le proporcionaba. Con solo doce años John Dalton empieza la docencia en la nueva escuela en Eaglesfield. En 1781, con quince años, el joven John fue requerido por su hermano mayor Jonathan para ayudarle como profesor en una nueva escuela cuáquera en la floreciente ciudad de Kendal. Cuatro años más tarde se hicieron dueños de la escuela. Los alumnos serán cuidadosamente instruidos en inglés, latín, griego y francés, así como también en escritura, aritmética, contabilidad y matemáticas, pudiendo alojarse en la propia residencia de los maestros a un precio asequible. John Gough lo convence para comenzar sus anotaciones siendo publicada como “Observaciones y ensayos meteorológicos” en el año 1793.