Na interesfincteriana, pode-se realizar a fistulotomia em um único tempo. Nas transesfincterianas, por vezes é necessário ser em 2 tempos, com sedeho ou drenos por 4 a 8 semanas. As extraesfincterianas, também podem ser tratadas com sedenho, avanço de retalho mucoso, ampliação do orifício de drenagem externa ou material de preenchimento, como plug de colágeno ou cola biológica.