Tujuan VOC adalah untuk memonopoli perdagangan di Nusantara. Karena sebelum VOC dibentuk, sebelumnya sudah ada kongsi dagang asal Belanda yang bernama Compagnie van Verre asal Amsterdam, Belanda, yang melakukan pelayaran ke Asia pada 1595-1597. Mereka melihat bahwa ada prospek cerah dalam perdagangan di Nusantara. Kemudian setelah sampai di Nusantara sudah terdapat Portugis, dan setelah itu tujuan VOC adalah mencegah kerugian akibat persaingan dagang dengan Portugis di Nusantara. Di Nusantara Indonesia, Gubernur Jenderal pertama VOC, Pieter Both, menetapkan Ambon sebagai pusat pemerintahan kongsi dagang Belanda tersebut. Selain itu, pada 1611, di Jayakarta (Batavia), ia juga membangun rumah dagang kecil yang digunakannya sebagai kantor cabangnya.