Após a fase aguda, há a fase que o sistema imune fica em constante luta com o vírus, seja ele circulante, seja ele hospedeiro de células TCD4. O vírus vai sofrendo inúmeras mutações e reinfectando outros TCD4, mais rapidamente do que é degradado, o que faz com que o sistema imune comece a matar as células TCD4 infectadas cada vez mais, e em contrapartida, cada vez menos se tem uma resposta imune melhorada pela ação do TCD4.
A fase final é quando o sistema imune está muito deficitário, e o paciente tende a contrair muitas infecções oportunistas como tuberculose, e acabam morrendo.
Os exames sanguíneos leucocitários nessa fase são deficientes, devido a morte de muitos TCD4, e a exaustão das outras células imunes, além da incapacidade de sofrer modulações importantes para agir a infecções, por não haver mais TCD4.