Embora os anti-histamínicos estejam classificados nas categorias B (clorfeniramina, cetirizina, dexclorfeniramina, clemastina, difenidramina e loratadina) e C (bronfeniramina, desloratadina, fexofenadina, hidroxizina e prometazina) para uso na gestação, são contraindicados durante a gravidez e a lactação.
Os anti-histamínicos de primeira geração são contraindicados para pacientes com hipersensibilidade conhecida aos fármacos, bem como para recém-nascidos, prematuros e lactantes. Esses medicamentos também estão contraindicados para indivíduos em uso de antidepressivos inibidores da monoamina oxidase (IMAO) ou que apresentam uma das seguintes condições: glaucoma de ângulo fechado, úlcera péptica, hipertrofia prostática sintomática e obstrução do colo da bexiga.
Os anti-histamínicos de segunda geração são contraindicados para pacientes com hipersensibilidade conhecida. A cetirizina está contraindicada para pacientes sensíveis à hidroxizina.