Los síntomas y signos más comunes incluyen dolor de cabeza, fiebre, escalofríos, signo Brudzinski positivo, signo Kernig positivo, fotofobia, confusión, convulsiones, coma, que dan nombre al cuadro conocido como meningoencefalitis amebiana primaria (MAP) Además, las anomalías del ritmo cardíaco y la necrosis miocárdica se han observado en algunos casos.