Al final de 2017, 190 estudios investigaban la eficacia del FMT para diversas indicaciones, incluidas CDI, IBD, obesidad, erradicación de organismos resistentes a múltiples fármacos, ansiedad y depresión, cirrosis, y diabetes tipo 2.
Resultados demuestran que en las circunstancias correctas, la modulación de la microbiota puede ser un tratamiento efectivo para la IBD.