Neste tipo de botulismo, os esporos contidos em alimentos contaminados se fixam e se multiplicam no intestino, onde ocorre a produção e a absorção da toxina. Em adultos, são descritos alguns fatores de risco, como cirurgias intestinais, Doença de Crohn e/ou uso de antibióticos por tempo prolongado, que levaria à alteração da flora intestinal. Não se sabe o período de incubação deste tipo da doença porque é impossível saber o momento da ingestão dos esporos.
Há, ainda, o botulismo infantil, que é, na verdade, do tipo intestinal e mais frequente em crianças com idade entre 3 e 26 semanas. Sua principal causa é a ingestão de mel de abelha nas primeiras semanas de vida.