Agen etiologi yang terlibat dalam patogenesis LGV adalah C. trachomatis. C. trachomatis telah diidentifikasi menjadi 15 serovar yaitu A, B, Ba, C-K, L1-L3. LGV disebabkan oleh C. trachomatis serovar L1-L3. Serovar L2 dibagi menjadi L2, L2’, L2a dan L2b berdasarkan perbedaan komponen asam amino. Serovar A-C merupakan penyebab infeksi okular trakoma. Serovar D-K menyebabkan infeksi urogenital. Serovar A-K hanya terbatas pada mukosa, sedangkan serovar L1-L3 bersifat lebih invasif