O tratamento de uma colagenose, assim como de qualquer doença auto-imune, depende do seu tipo e gravidade, e deve ser orientado pelo reumatologista ou dermatologista. Geralmente, envolve o uso de corticóides, como Prednisona ou Prednisolona, além de outros imunossupressores ou reguladores da imunidade mais potentes, como Azatioprina, Metotrexato, Ciclosporina ou Rituximab, por exemplo, como forma de controlar a imunidade e diminuir os seus efeitos no organismo.