Poté così continuare a dedicarsi al compito che più gli stava a cuore: la riorganizzazione e il consolidamento del Regno di Sicilia, operazione che egli aveva intrapreso con grande vigore fin dalla morte di Innocenzo III. L’imperatore infatti amava molto la terra di Sicilia e per potersene occupare completamente arrivò a fare molte concessioni ai feudatari tedeschi affinché non gli creassero troppi ostacoli. In Italia Federico riteneva fondamentale l’importanza dell’autorità imperiale e non era affatto disposto a limitare il proprio potere, né di fronte alla Chiesa, né davanti ai Comuni; egli infatti li combatté entrambi per estendere i suoi domini anche in Italia centrale e settentrionale, tanto che, quando morì, nel 1250, il papa regnante, Innocenzo IV, disse: “Che i Cieli esultino e la Terra sia felice”.