O balanço entre a microbiota normal e contaminação externa, também é muito importante para evitar manifestações orais de doenças sistêmicas, como a candidíase, e doenças sistêmicas que já foram relatadas com associação a patologias orais, como endocardite e artrite reumatóide devido a produtos lançados na corrente sanguínea ou bacteremia numa simples escovação, uso do fio dental e procedimentos cirúrgicos. Por isso a higiene bucal é essencial, mantendo os níveis da microbiota normal e impedindo a contaminação com patógenos. Escovação, fio dental, enxaguatórios e uma visita regular ao dentista diminui a incidência de doenças bucais, evitando também doenças sistêmicas.