Os efeitos adversos são raros. Têm sido relatados casos de diarreia, tonturas, dores musculares, alopecia, rashes transitórios, confusão em idosos e hipergastrinemia. Em homens, a cimetidina ocasionalmente provoca ginecomastia e, raramente, diminuição da função sexual. Isso provavelmente é causado por sua pequena afinidade por receptores de andrógenos.
A cimetidina (mas não outros antagonistas do receptor H2 ) também inibe o citocromo P450 e pode retardar o metabolismo (e, desse modo, potencializar a ação) de vários fármacos, incluindo anticoagulantes orais e antidepressivos tricíclicos.