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TECNOLOGÍA DE SECUENCIACION MASIVA DE GENOMAS
Herramientas en la biotecnologia
Características fenotípicas codificadas en el genoma
El gen
Unidad básica de la herencia,
El genoma
Cantidad total de la información genética que codifica el ADN
Genotipo
Almacenamiento de la información genética de un individuo
Fenotipo
Características desarrolladas en forma física del individuo
Primera generación
Usos y ventajas:
Alta calidad de las secuencias en fragmentos largos de hasta 900pb
Útil para secuencias individuales de fragmentos de DNA de plásmidos de bacterias o amplificado por PCR
Desventajas
Su elevado costo por base lo hace ineficiente para proyectos a gran escala como genomas completos o metagenomas.
Tiempo largo
Segunda generación NGS
Secuenciación masiva en paralelo
454 Pyrosequencing
Mide la bioluminiscencia que se produce durante elongación de la cadena complementaria de DNA.
ABI-SOLID
Este método utiliza la enzima "ligasa" envés de la "polimerasa" para unir sondas con 2 bases conocidas y un fluroforo que emitirá luz al ser excitado por un laser.
Illumina
Utiliza nucleótidos marcados con fluoróforos que emitirán un color distinto tras su adicción a la cadena.
IonTorrent
Utiliza un chip semiconductor donde se mide la modificación del pH y el voltaje cada vez que se agrega una base nueva a la cadena en elongación.
Tercera generacion TGS
Se basan en la secuenciación de una sola molécula en
"tiempo real"
Pacific Biosciencies
SMRT
Utiliza un chip especial (celda SMRT) que posee miles de nanopocillos, que contienen la enzima DNA polimerasa, la cual une las bases a la cadena en síntesis, se libera un fluroforo que es excitado por un haz de luz, desprendiendo fluorescencia que es captada por una cámara en tiempo real.
Secuenciación mediante Nanoporos
(Oxford Nanopore Technologies)
Consiste en generar nanoporos entre dos compartimientos y a través de la observación de los cambios en la corriente eléctrica dentro del nanoporo debida a los iones que pasan de un compartimiento al otro, identificar los nucleótidos que pasan dentro del mismo.
Secuenciación de DNA
Determinación de la secuencia de nucleótidos (A,T,C,G)
La secuenciación lineal de estas bases puede ser considerada el lenguaje de la vida
La habilidad para desarrollar una secuencia de DNA , es un pre-requisito para descifrar su significado
Con el tiempo y el desarrollo tecnológico, surgen mejores herramientas para secuenciar el DNA.
Inicios
Domesticación
Herencia Genética
Revolución Verde
Transgénicos/
Cisgenicos
Genómica/Bioinformática
Historia de la Secuenciación
Secuenciador automático AB370. 96 bases a la
vez, 500 K bases al día, 600 Pb longitud.
NGS, Segunda generación. Una sola corrida
genera 1 GB de datos.
NGS, tercera generación. Una corrida genera 1
TB de datos. 1000x más eficiente.
Hacen uso del PCR de emulsión
Hace uso del PCR en puente
Maxam-Gibert y Sanger
