Nefrolitiasis yang tidak keluar bisa menjadi obstruktif dan selanjutnya bisa menyebabkan gagal ginjal akut, atau bisa juga menjadi nidus infeksi, yang akhirnya bisa mematikan. Jika pasien menjalani pemasangan tabung nefrostomi, maka ada kemungkinan terjadi perdarahan, cedera sistem pengumpul ginjal, cedera organ viseral, komplikasi paru, komplikasi tromboemboli, dan migrasi batu ekstrarenal.