Please enable JavaScript.

Coggle requires JavaScript to display documents.

Клетка - Coggle Diagram

- - - - В изображенной последовательности правильное расположение прибывшего к месту действия дезоксинуклеозидтрифосфата побуждает пальцы полимеразы сомкнуться, что инициирует реакцию присоединения нуклеотида. Диссоциация пирофосфата вызывает размыкание пальцев и перемещение (транслокацию) ДНК на один нуклеотид, так что активный участок полимеразы готов принять следующий дезоксинуклеозидтрифосфат.
      - ионы магния координируют расположение 3 magnesium ions coordinate '-OH and triphosphate 3 ’-OH и
        нуклеозидтрифосфата
      - В виде руки, синтез 5 к 3, за счет значительного по величине благоприятного изменения свободной энергии, что обусловлено высвобождением пирофосфата с последующим гидролизом до двух молекул неорганического фосфата.
    - - использует рибонуклеозидтрифосфаты для синтеза коротких РНК-затравок на отстающей нити
    - - Расщепляют двойную цепочку за счёт энергии АТФ. Существуют хеликазы двух типов, 5 к 3 и наоборот, но главной является 5 к 3
    - - связыванию они охватывают и распрямляют области однонитевой ДНК — матрицы отстающей цепи, таким образом предотвращая образование коротких двуспиральных шпилек
    - - Одна сторона кольца связана позади ДНК-полимеразы, а все кольцо свободно скользит по ДНК вместе с перемещающейся полимеразой.
      - Сборка зажима вокруг ДНК требует гидролиза ATP, что осуществляет специальный белковый комплекс, погрузчик, или установщик зажима (clump loader): он гидролизует ATP, когда «насаживает» зажим на стыке затравки с матрицей
  - - - после связывания нуклеотида, но прежде чем нуклеотид ковалентно присоединится к растущей цепи, фермент должен претерпеть конформационное изменение, в результате которого его «пальцы» сжимаются вокруг активного участка
      - Нужный нуклеотид имеет более высокое сродство к движущейся полимеразе, чем неверно выбранный, потому что правильное спаривание благоприятнее в энергетическом отношении
      - Экзонуклеолитическая коррекция в направлении 3' → 5' 1 на 10^2
        
        такая корректирующая экзонуклеаза(домен ДНК-полимеразы) 3' → 5' удаляет любые неспаренные остатки на конце затравки, продолжая это до тех пор, пока не будут удалены все ошибочно вставленные нуклеотиды, чтобы восстановить 3'-OH-конец с комплементарным основанием, способный служить затравкой для синтеза ДНК.
      - Полимеризация в направлении 5' → 3' 1 на 10^5
    - - направляемая цепью система исправления ошибок спаривания (strand-directed mismatch repair) выявляет потенциальные места искажений в спирали ДНК, что обусловлено плохой «подгонкой» оснований, некомплементарных друг другу.
        
        Распознавание новосинтезированной днк
        
        Метильные группы присоединяются ко всем остаткам А в последовательности GATC, но лишь по прошествии некоторого времени после включения А в новосинтезированную цепь ДНК
        
        Недавно синтезированная ДНК отстающей нити непродолжительное время имеет надрезы
  - - - У бактерий
        
        Имеют единственную точку репликации
        
        Инициация через полное метилирование ДНК-метилазой(Dam) и ингибитора SeqA
  - - - Сайты KOPS (GGGNAGGG) расположены полярно относительно ориджина репликации к dif сайтам. FtsK взаимодействует с KOPS сайтами и последующая транслокация всегда направлена в сторону область хромосомы, где репликация обычно заканчивается
- - - - Образование
        
        Формин
        
        нуклеирует сборку и остается с растущим плюс-концом
        
        Arp
        
        Кепирование и нуклеация актина, остается связанным с минус-концом
        
        Профилин
        
        Связывает субъединицы, ускоряет элонгацию
        
        Тимозин
        
        Блокирование роста актиновых филаментов за счёт связывания субъединиц
        
        Кофилин
        
        Связывает ADP-актиновые филаменты, ускоряет разборку
        
        Тропомиозин
        
        Стабилизирует филамент
      - Связывание
        
        Фимбрин
        
        поперечные широкие сшивки
        
        свободная упаковка позволяет миозину-II проникать в пучок
        
        сократительный пучок
        
        Актинин
        
        поперечные сшивки, плотная упаковка
        
        миозину-II не проникнуть
        
        Параллельный пучок
        
        Филамин
        
        Сшивка с двумя лапками, не поперечно
        
        Спектрин
        
        Длинные сшивки между пучками - кортикальный слой
    - - Сократительный пучок
        
        Стресс-фибрилла
      - Гелеобразная сеть
        
        Клеточный кортекс
      - Плотный параллельный пучок
        
        Филоподия
    - - Трансмембранный(Cd44) белок + ERM(белок)
    - - хвост --Состоят из тяжелой цепи с С-концом
        Моторный домен:
        шарнирного участка(гибкого, отвечающего за движение)
        легких цепей с N-концом
        
        Моторные домены более консервативные
      - Двигаются от - к +, кроме 6 миозина
      - Не обладает процессивностью и совершает один/два шага вдоль актинового филамента, после чего отсоединяается
  - - - α-тубулина GTP физически
        заперт на поверхности взаимодействия мономеров и никогда не гидролизуется
    - - МТ может быстро переходить от катастрофы(разборки) к спасению в результате удаления(переход в GDP) GTP-кэп(конца с GTP-тубулином), деполимеризация с GDP-тубулиновым концом в 100 раз быстрее
    - - y-TuRC
        
        обеспечивает нуклеацию роста микротрубочек в центросоме и кепирует их минус-концы
      - MAP
        
        стабилизирует трубочки за счёт связывания по бокам на одной трубочке
      - катастрофин(кинезин-13)
        
        усиливает катастрофическую разборку на плюс-конце
      - Статмин
        
        связывает субъединицы, предотвращает сборку
      - +TIP
        
        остаются связанными с растущим плюс-концом и могут связывать его с другими структурами, например мембрана
      - XMAP215
        
        стабилизирует плюс-конец и ускоряет сборку
      - плектин
        
        связывает микротрубочки с промежуточными филаментами
      - тау-белок
        
        узкое поперечное связывание
      - MAP-2
        
        широкое поперечное связывание
    - - Кинезин
        
        Обладает процессивностью, претерпевает стони атфазных циклов, не прекращая движения вдоль микротрубочки
        
        ATP присоединяется к отстающей головке, после чего она гидролизируется и перемещается
      - Динеин
  - - - Ламины A,B,C
        
        собирают ламину(два белка вместе, потом ещё два, все это образует протофиламент, который входит в состав лимины в количестве 8 штук)