Anexo a España: El 18 de marzo de 1861, se bajó el símbolo de la bandera tricolor del pueblo dominicano en toda la República, en su lugar se levantó la bandera española. La soberanía fue conferida voluntariamente y sin derramamiento de sangre por el presidente de la República, general Pedro Santana Familia, quien fue honrado por la corona española con títulos pomposos como el del gobernador civil el capitán general de la colonia y el senador del reino, el teniente general de los ejércitos reales y el marqués de leer Carreras. Para ejercer el poder, envió a Felipe Alfau como ministro en una misión especial a España para gestionar la anexión a la madre patria. Sin embargo, Santana presento la solicitud al gobierno español, fingiendo que todos simpatizaban con la medida. En la capital, el padre Fernando Arturo De Meriño, el general Eusebio Mansueta y el famoso Matías Ramón Mella Castillo fueron los primeros en manifestarse en contra de la anexión. En Santiago, la ciudad no participó en el cambio de bandera en la fortaleza de San Luis después de ser invitada, El general Francisco del Rosario Sánchez estaba en el exilio en el momento de la anexión y viajo a Haití tan pronto como escucho la noticia. Entro en La República Dominicana a través de la frontera sur fue traicionado por Santiago de Oleo, quien, después de ser herido en el cerro Juan Cruz, o entrego a las tropas Otro intento revolucionario fallido estallo en Santiago el 26 de febrero de 1863. Con La llegada del real decreto del 19 de mayo de 1861, en el que la reina aceptaba la anexión, la revolución era inminente.
Guerra restauradora: Como propietarios de la ciudad, las tropas de restauración comenzaron a tomar la Fortaleza de San Luis el 7 de septiembre. En la batalla de Santiago, los generales Gaspar Polanco, quienes, debido a su eficacia y valor, clasificaron al Generalísimo y al General Gregorio Luperón, quienes se convirtieron en uno de los héroes más importantes de la Guerra de Restauración debido a su dominio magistral de sus tropas. La retirada de las tropas de Santiago a Puerto Plata les costó a los españoles más de mil muertos y 200 heridos, ya que los restauradores los molestaron durante todo el viaje. La retirada de las tropas españolas comenzó el 10 de julio de 1865. La nación fue nuevamente libre y soberana de todas las potencias extranjeras, como sugirió su famoso fundador. EL germen de libertad y honor volvió a germinar, Los miles de patriotas que habían caído no lo había hecho por nada. Por las últimas palabras que Matías Ramón Mella Castillo dijo en su lecho de muerte, golpeó el corazón de todos los quisqueños. "Todavía hay un hogar", "Viva la República Dominicana".