A maioria das pessoas com cardiomiopatia hipertrófica têm a parede entre as duas câmaras inferiores do coração (ventrículos) mais alargada, o que obstrui o fluxo sanguíneo. Condição que, às vezes, é chamada cardiomiopatia hipertrófica com obstrução ou cardiomiopatia hipertrófica obstrutiva.
Entretanto, em alguns casos a cardiomiopatia hipertrófica acontece sem obstrução significante do fluxo sanguíneo, mas o ventrículo esquerdo, que é a principal câmara de bombeamento do coração, pode se tornar duro. Com isso, a quantidade de sangue que o ventrículo pode conter e bombear a cada batimento se torna reduzida, o que pode ser chamado de cardiomiopatia hipertrófica sem obstrução ou cardiomiopatia hipertrófica não obstrutiva.