En esta gran diversidad de estructuras químicas encontramos metabolitos endógenos y exógenos; los primeros (entre los que se incluyen aminoácidos, ácidos orgánicos, ácidos nucleicos, ácidos grasos, azúcares, vitaminas, cofactores, pigmentos, antibióticos, etc.) son producidos de manera natural por un organismo, y los segundos (tales como fármacos, contaminantes ambientales, aditivos alimentarios, toxinas y otros xenobióticos) provienen de la interacción con el exterior.