Pengelolaan pendapatan dan belanja BLU perlu diatur agar dapat menghindari penggunaan anggaran yang tidak efisien. Pengelolaan ini diatur khusus berdasarkan pembahasan dan usulan menteri teknis/ pimpinan lembaga dan mendapat persetujuan Menteri Keuangan.
Dalam pengelolaan pendapatan dan belanja BLU dimungkinkan terjadi revisi DIPA. Hal ini dapat disebabkan oleh penggunaan anggaran belanja di atas pagu APBN (penambahan pagu), pergeseran dalam hal pagu tetap (penambahan output), perubahan akibat hal-hal khusus seperti pencantuman saldo awal kas, menutup mismatch, DIPA satker jadi DIPA BLU, hibah langsung (uang), dan pemindahan dana (tarik ke kas negara).