Remunerasi diberikan kepada pengelola, pegawai, pengawas, dewan pengawas, dan komite audit BLU bertujuan untuk mempertahankan para pegawai, sebagai alat meningkatkan produktifitas, bentuk imbalan atau kompensasi atas prestasi pegawai, mencerminkan keadilan, dan menjadi daya tarik tersendiri bagi penerimanya. Penetapan remunerasi disusun dan ditetapkan melalui Keputusan Menteri Keuangan (KMK) dengan didasarkan pada prinsip kepatutan, proporsionalitas, kesetaraan, dan kinerja. Diharapkan dengan adanya pemberian remunerasi dapat meningkatkan produktifitas dan kualitas baik layanan maupun keuangan BLU.