A diferencia de lo que ocurre en la actualidad, el diagnóstico de la EII ha sido, fundamentalmente, clínico. Hoy en día, los estudios endoscópicos y las pruebas radiológicas, que han evolucionado muchísimo, resultan fundamentales para el diagnóstico, en concreto la colono TC y la entero resonancia. En cuanto a la colonoscopia, está indicada no solamente para establecer el diagnostico de visu y para la toma de biopsias, sino para hacer un despistaje de la posible aparición de tumores de colon cuya incidencia esta aumentada en la EII y en especial en la CU. Por su parte la endoscopia digestiva alta estaría indicada en pacientes con EC y sospecha de afectación de tramos superiores. El estudio de intestino delgado puede hacerse mediante la capsula endoscópica o por enteroscopia. Desde el punto de vista de la imagen, en las últimas décadas ha cambiado mucho el diagnóstico y seguimiento
de la EII.