Pada sebagian besar kasus, ini bersifat polimikroba, yang mencakup bakteri anaerobik seperti Bacteroides , Prevotella , Peptostreptococcus , Fusobacterium , atau streptococci. Abses paru monomikroba disebabkan oleh streptokokus, Staphylococcus aureus , Klebsiella pneumoniae , Streptococcus pyogenes , Burkholderia pseudomallei , Hemophilus influenzaetipe b, Nocardia , dan Actinomyces .
Pada pasien dengan gangguan penggunaan alkohol, organisme paling umum yang terlibat dalam abses paru termasuk Staphylococcus aureus , Klebsiella pneumoniae , Streptococcus pyogenes , dan Actinomyces . Kebersihan gigi yang buruk merupakan faktor risiko independen untuk perkembangan abses paru.