ล้างมือบ่อยๆ โดยใช้สบู่และน้ำ หรือเจลล้างมือที่มีส่วนผสมหลักเป็นแอลกอฮอล์

ส่วนใหญ่เป็นการรักษาตามอาการได้แก่ยาบรรเทาปวดลดไข้ ยาแก้ไอ

หลีกเลี่ยงการสัมผัสเชื้อ ควรหลีกเลี่ยงการเข้าใกล้สัตว์ปีกทุกชนิด หากหลีกเลี่ยงไม่ได้ก็ควรล้างมือทุกครั้งหลังจากสัมผัสกับสัตว์ปีก นอกจากนี้ยังควรหลีกเลี่ยงเข้าไปในสถานที่ที่มีสัตว์ปีก และไม่ควรรับประทานเนื้อหรือไข่ของสัตว์ปีกที่ยังไม่ผ่านการปรุงสุก

รักษาด้วยการดูแลประคับประคองอาการ รวมทั้งบำบัดรักษาภาวะแทรกซ้อน และให้ยาฆ่าเชื้อมาลาเรีย (Antimalarial) ซึ่งการเลือกชนิดของยาหรือรูปแบบการให้ยาจะประกอบไปด้วยหลายปัจจัยด้วยกัน

เนื่องจากปัจจุบันยังไม่มีมีวัคซีนป้องกันมาลาเรีย ซึ่งกำลังอยู่ในกระบวนการทดลองเพื่อให้ได้ประสิทธิภาพในการป้องกันโรค

เชื้อแบคทีเรียที่ทำให้เกิดโรคฉี่หนูมีชื่อว่า เล็ปโตสไปรา (Leptospira) มักพบการติดเชื้อชนิดนี้ได้ในสุนัขหรือสัตว์ตามฟาร์ม เช่น สุกร โค กระบือ รวมถึงสัตว์จำพวกหนู โดยการแพร่เชื้อสู่คนสามารถเกิดขึ้นได้เมื่อดวงตา ปาก จมูก หรือร่างกายส่วนที่เป็นแผลสัมผัสกับปัสสาวะ เลือด หรือเนื้อเยื่อจากสัตว์ที่ติดเชื้อ

โรคฉี่หนูมักไม่มีอาการรุนแรงและหายดีได้เอง หรืออาจรักษาด้วยยาปฏิชีวนะอย่างยาเพนิซิลลิน (Penicillin) หรือดอกซีไซคลิน (Doxycycline) เป็นระยะเวลา 5-7 วัน ซึ่งควรต้องรับประทานตามกำหนดให้ครบถ้วนแม้อาการจะดีขึ้นแล้วก็ตาม

หลีกเลี่ยงการว่ายน้ำหรือการเดินลุยในน้ำที่อาจปนเปื้อนเชื้อปัสสาวะจากสัตว์นำโรค หรือควรสวมใส่รองเท้าบู๊ตป้องกันทุกครั้งหากมีความจำเป็น

หมั่นตรวจตราแหล่งน้ำและดินทรายที่อาจมีเชื้อปนเปื้อน ควรระบายน้ำตามท่อระบายออกแล้วล้างเพื่อกำจัดน้ำที่ปนเปื้อน

ส่งเสริมการป้องกันโรคแก่ผู้ที่ทำอาชีพที่มีความเสี่ยงทั้งหลาย โดยให้สวมถุงมือยางหรือรองเท้าบู๊ต