Maisto netoleravimo ir alerginių reakcijų mechanizmai visiškai skirtingi.
Alergija yra organizmo imuninės sistemos „klaida“, kai į nekaltus maistingus baltymus kūnas reaguoja kaip į ligos sukėlėjus. Alerginė reakcija pasireiškia labai greitai, suvalgius nedidelį kiekį alergizuojančio maisto. Tipiniai alergijos simptomai: odos bėrimas, niežulys, dusulys. Paprastai alergiją sukelia konkretus maisto produktas, turintis alergizuojančių baltymų (pienas, kiaušiniai, kviečiai, riešutai, soja, žuvis ir jūros gėrybės). Kadangi alerginės reakcijos gali kelti rimtą grėsmę, būtina atlikti alergenų nustatymo tyrimus ir visiškai nevartoti alergizuojančių maisto produktų.
Maisto netoleravimas yra nesusijęs su organizmo imunine sistema, jį sukelia virškinimo organus stipriai dirginantys produktai, kurie sutrikdo normalų virškinimą. Maisto netoleravimas paprastai pasireiškia ne iš karto (dažnai po valandos ar vėliau) bei suvartojus didesnį dirginančio maisto kiekį. Tipiniai maisto netoleravimo simptomai: pilvo pūtimas ir spazmai, didelis žarnyno dujų išsiskyrimas, rėmuo, galvos skausmas, dirglumas ar nervingumas, viduriavimas, pykinimas ir vėmimas. Maisto netoleravimas nekelia grėsmes gyvybei.
Neretai maisto netoleravimą sukelia šios virškinimo traktą dirginančios medžiagos: skonio stipriklis mononatrio glutamatas, kofeinas (jo taip pat gausu juodosiose ir žaliosiose arbatose), alkoholis, dirbtiniai saldikliai, maisto dažai, konservantai bei dirbtiniai aromatai. Šį negalavimą taip pat gali lemti toksinais, virusais, bakterijomis ir parazitais užkrėstas maistas.