Diversamente dell’affresco realizzato sulla volta ricco dai toni saturi e brillanti nel Giudizio Universale abbondano così i grigi e i bruni terrosi. Solamente il cielo è rappresentato con un blu limpido e intenso. La zona colorata in modo più vivace e contrastata è nel mantello della Vergine seduta a destra di Cristo.

Per creare una certa spazialità e una necessaria profondità Michelangelo utilizzò una illuminazione diretta sui personaggi in primo piano. Man mano che le figure si allontanano i contrasti si affievoliscono e i colori si spengono sfumando i contorni.