Inizia in quest'epoca il contrasto tra verità sperimentali e verità di fede, che porterà a una netta divisione tra scienza e Chiesa. In Italia e Spagna, in particolare, la Chiesa limita la libertà di pensiero. L'Inquisizione romana opera per tutto il '600, perseguendo ogni forma alternativa alla religione ufficiale e collaborando con il potere politico. Resta attiva, inoltre, la censura sulla Stampa attraverso l'Indice dei libri proibiti.