Proses miokardium viral ada dua tahap,fase pertama (akut) berlangsung kira-kira 1 minggu (pada tikus) dimana terjadi invasi virus ke miokardium,replikasi virus dan lisis sel. Kemudian terbentuk neutralizing antibody dan virus kan dibersihkan atau dikurangi jumlahnya dengan bantuan makrofag dan neutral killer cell (sel NK).
Fase kedua miokardium akan diinfiltrasi oleh sel-sel radang dan system imun akan diaktifkan antara lain dengan terbentuknya antibody terhadap miokardium,akibat perubahan permukaan sel yang terpajan oleh virus. Fase ini berlangsung beberapa minggu sampai beberapaaa bulan dan diikuti kerusakan miokrdium dan yang minimal sampai yang berat.
Enterovirus sebagai penyebab miokarditis viral juga merusak sel-sel endotel dan terbentuknya antibodi endotel, diduga sebagai penyebab spasme mikrovaskular. Walaupun etiology kelainan mikrovaskular belum pasti,tetapi sangat mungkin berasal dari respin imun atau kerusakan endotel akibat infeksi virus.
Jadi pada dasarnya terjadi spasme sirkulasi mikro yang menyebabkan proses berulang antar obstruksi dan reperfusi yang mengakibatkan larutannya matriks miokardium dan habisnya otot jantung secara fokal menyebabkan rontokny serabut otot, dilatasi jantung dan hipertrofi miosit yang tersisa.Akhirnya proses ini mengakibatkan habisnya kompensasi mekanis dan biokimiawiyang berakhir dengan payah jantung.
