Prognosis leptospirosis tergantung pada status imunologis tubuh penderita, usia, status gizi, penyakit penyerta serta kecepatan dan ketepatan tatalaksana. Sebagian besar kasus leptospirosis adalah kasus yang ringan. Namun, orang tua, pasien dengan gizi yang buruk, memiliki gangguan imunitas, penyakit penyerta seperti gagal ginjal umumnya memiliki resiko mortalitas yang tinggi.