Děj Spalovače mrtvol se odehrává v předválečné Praze a celý se točí okolo postavy Karla Kopfrkingla, zaměstnance krematoria. Jedná se o mírného, klidného a rozumného člověka, který se s pomocí východní filosofie smířil se svou prací a naučil se ji chápat jako službu lidské duši. Výborně si rozumí se svou ženou Marií, kterou má nadevše rád a nazývá ji přívlastky jako nebeská, čarokrásná atp. S pozvolným prostupováním nacistických myšlenek českou společností se však i tento dobromyslný člověk nechává zviklat, ovlivněn především přítelem Wilhelmem Reinkem a jeho apelováním na Kopfrkinglovu německou krev. Karel tak postupně přebírá rasistické názory ze svého okolí - přeměna osobnosti vyvrcholí ve chvíli, kdy oběsí svou dříve milovanou manželku, neboť se dozví, že je po matce Židovka. Následně zavraždí i svého syna, protože byl neduživý a nevhodný pro armádu. Teprve dcera otcův útok přežije a Kopfrkingl je okamžitě odvezen do ústavu pro duševně choré.