Patofisiologi thyroiditis bervariasi pada setiap jenisnya, yaitu thyroiditis akut, subakut, dan kronik. Patofisiologi thyroiditis akut umumnya melibatkan infeksi bakteri atau radiasi yang menimbulkan inflamasi, kerusakan parenkim tiroid, dan rasa nyeri. Sementara itu, patofisiologi thyroiditis subakut umumnya melibatkan infeksi virus. Pada thyroiditis kronik, patofisiologi biasanya melibatkan kondisi autoimun, penggunaan obat tertentu, dan proses fibrosis.Thyroiditis akut biasanya disebabkan oleh infeksi bakteri gram positif (Streptococcus atau Staphylococcus), bakteri anaerob, atau jamur.
